优良家畜规模化繁育技术教育部工程研究中心于2006年由教育部批准成立，并于2018年7月24日通过教育部验收。中心依托于内蒙古大学、草原家畜生殖调控与繁育省部共建国家重点实验室及内蒙古大学生命科学学院，同时得到内蒙古自治区科技厅和教育厅的支持，是内蒙古牛羊等草原家畜繁殖技术的研究基地与技术推广基地，同时也是动物学国家重点学科和内蒙古自治区重点实验室的研究与技术示范基地。中心聚焦国家和自治区重大战略需求，服务于草原畜牧业发展的战略目标，通过承担国家和地方重大科研项目，挖掘草原家畜优秀遗传资源，提升动物繁殖效率，提高动物生产力，建立以生态发展优先的现代动物繁育技术平台，在优良家畜规模化繁育的技术创新和应用领域形成了完善的科技成果产业化体系。

工程研究中心紧密围绕牛羊繁育新技术研发与现代繁殖技术推广这两个研究方向，与多家企业联合，先后建立了多个家畜生物技术繁育示范基地，在胚胎生物技术如体外受精、胚胎培养、同期发情、胚胎移植、体细胞核移植、胚胎分割与嵌合体、精液性控与胚胎冷冻等方面拥有完整系统的技术体系，在基因工程、基因编辑、转基因技术、干细胞技术、基因组选择育种等现代生殖与繁殖生物学领域，拥有系统的现代化平台，开展了优良品种的快速培育、快速繁育和技术推广工作，并对优良种质资源进行保存研究。经多年攻关，中心在牛、羊基因编辑与转基因技术研究方面居国内领先及国际先进水平，生产了国际最大群体的克隆牛、绵羊与绒山羊群体，培育出产绒高、质量优的绒山羊群体，培育出产肉率高、肉质优的基因编辑牛群体，其中克隆牛与克隆绵羊在企业实现了生产应用；在牛、羊集成繁殖生物技术领域位居国内领先水平，以克隆技术为主的集成繁殖自主技术与应用成果已实现了高科技转化。

工程中心团队被教育部列入“创新团队发展计划团队”，被科技部确定为“创新人才推进计划国家重点领域创新团队”。2020年，绒山羊遗传改良与生物育种团队获内蒙古自治区科技进步一等奖；2021年，牛遗传改良与生物育种团队被中组部等四部委授予“全国杰出专业技术人才先进集体”称号；2021年，家畜现代生物育种团队荣获全国高校黄大年式教师团队。

工程研究中心紧密依托国家重点实验室，坚持应用研究与技术推广并举，以应用研究促进技术开发，从技术推广中探索和带动应用研究，充分发挥中国北方草原家畜遗传资源、草地资源和生态养殖资源优势，注重产、学、研结合，产生了良好的经济效益和社会效益，同时也促进了基础研究的不断深入，为国家和内蒙古自治区科技进步与家畜养殖业的发展做出贡献。